Il partito, di cui Giorgio Almirante fu così il successivo segretario, eletto dal nuovo comitato centrale, ricevette inizialmente l’appoggio del generale fascista Rodolfo Graziani, ed ebbe il suo battesimo elettorale in un clima pesante nel settembre 1947 alle comunali di Roma, quando il MSI riuscì a eleggere tre consiglieri comunali, che furono pure determinanti nell’eleggere sindaco il democristiano Salvatore Rebecchini.
Intanto aderì al MSI il primo parlamentare nella Costituente: nel febbraio 1948 fu accettata l’adesione del palermitano Guido Russo Perez. Furono le elezioni politiche dell’aprile 1948 il primo test nazionale, quando ottenne il 2,01 % dei voti alla Camera dei deputati, eleggendo sei deputati: lo stesso Almirante, Roberto Mieville, Arturo Michelini, Giovanni Roberti, Guido Russo Perez e Luigi Filosa; e lo 0,89 % al Senato della Repubblica. Subito dopo il voto aderì al MSI il senatore Enea Franza, eletto nelle liste di una lista civica, “Democrazia del Lavoro”. Ma Filosa restò deputato fino al giugno 1949. Aveva infatti fatto ricorso il primo dei non eletti nella circoscrizione di Catanzaro, Luigi Palmieri, denunciandolo per attività clandestina fascista. Palmieri subentrò, ma fu espulso dal partito. Filosa tornerà deputato nel 1953.
Il primo congresso del partito si svolse a Napoli tra il 27 e il 29 giugno 1948 e il comitato centrale approvò tre relazioni. Con la relazione Politica interna e costituzionale il MSI si opponeva all’istituzione delle Regioni come previsto dalla Costituzione; con la relazione Politica Estera rifiutava il Trattato di Parigi; e con la relazione Politica sociale ed economica venne proposta la sintesi tra il corporativismo e la socializzazione e la programmazione nazionale in contrapposizione al libero mercato. Nei confronti del fascismo la posizione venne sintetizzata dalla frase di Augusto De Marsanich «Non rinnegare e non restaurare». Le due correnti del partito, i socializzatori, rivoluzionari e reduci di Salò, e i corporativisti, moderati, raggiunsero una convergenza nel confermare alla segreteria un esponente della destra, Almirante.
Con la scomparsa della lista dell’Uomo Qualunque, il MSI aumentò discretamente i suoi consensi soprattutto nel Sud Italia, dove piccola borghesia e proprietari terrieri lo sostennero in risposta alle occupazioni e alle proteste contadine dei braccianti sostenuti dal PCI. La divisione fra le prime due correnti maggioritarie divenne così più marcata, poiché al sud i voti erano il doppio di quelli del nord, con punte del 15% a Napoli, Lecce, Catania e Reggio Calabria.
